導致肺膿腫最常見的致病菌是厭氧菌，典型臨床表現是咳膿臭痰。如果患者確診為肺膿腫後，首先要需要使用有效的抗生素進行治療，使用的抗生素要覆蓋厭氧菌，例如青黴素甲硝唑、奧硝唑、克林黴素、林可黴素等等。同時，可完善痰培養檢查，根據藥敏結果試驗選擇抗生素。
要注意引流，包括體位引流和使用祛痰藥物，常用的祛痰藥物包括氨溴索、桉檸蒎、溴己新等等。經過上述治療無效的情況下，還可以考慮支氣管鏡介入治療，優點是可以局部給藥，進一步促進痰液的引流。經過上述治療仍無效的情況下，有手術指徵時可以考慮手術治療。