支氣管內膜結核是肺結核的一種類型，一般在正規抗結核的基礎上，大部分患者在6-12個月能夠完全治癒。如果不規律用藥產生耐藥肺結核，甚至出現廣泛耐藥肺結核，治療的時間就會延長，可以達到20個月，甚至更久的時間。一旦出現耐藥肺結核，支氣管內膜結核容易形成肺不張，甚至肺部毀損，所以治療肺結核的原則是早期、規律、全程、適量、聯合，整個治療方案分強化和鞏固兩個階段。
早期就是對所有檢出的和確診的患者，立即給予抗結核治療，有利於迅速恢復早期的殺菌作用。規律就是嚴格遵照醫囑要求規律用藥，不漏服、不停服，以免產生耐藥性。全程就是要保證完全的治療時間，6-12個月。適量就是嚴格按照藥物劑量來用藥，藥物劑量低達不到治療效果，藥物劑量過大容易產生副作用。聯合就是採取3-4種抗結核藥物同時治療，這樣效果最好。