甲減對於胎兒的影響具有多方面，如果母體有甲減，導致甲狀腺激素水平不足，會嚴重影響胎兒大腦及全身正常的發育。如果在胎兒時期甲狀腺激素水平不足，骨骼和腦的發育停滯會表現為身體矮小、智力低下的呆小症。在懷孕的前三個月，母體是胎兒唯一的甲狀腺激素來源。胎兒的大腦結構發育，完全依賴於母體的甲狀腺激素。
甲狀腺激素能夠促進機體的新陳代謝，維持機體正常的生長發育，對神經、骨骼、心血管等系統都有影響。對於母體來說，在懷孕期間甲減不僅影響胎兒的生長、發育，還會增加妊娠期流產、先兆子癇、胎盤早剝等合併症的發生率。