多囊卵巢綜合徵和下丘腦性閉經，難以分辨哪種疾病更加嚴重。多囊卵巢綜合徵與下丘腦性閉經會造成育齡期女性不孕，兩者區別如下：

1、多囊卵巢綜合徵：除不排卵導致的不孕外，通常伴有其他代謝問題，包括超重、肥胖、胰島素抵抗、糖耐量異常、高血糖。部分女性會出現血脂、血壓升高或者其他內分泌異常，包括高雄激素的臨床表現，或者高雄激素血癥、高泌乳素血癥等。多囊卵巢綜合徵的女性，可以通過調整生活方式改善代謝問題，如果有備孕需求，可使用藥物或輔助生殖手段，解決不排卵、不懷孕等問題；

2、下丘腦性閉經：女性出現排卵障礙及不孕症狀，可以通過藥物解決下丘腦性閉經的內分泌紊亂，使月經、排卵或者妊娠恢復。

因此多囊卵巢綜合徵與下丘腦性閉經，會導致內分泌紊亂以及不孕，都有合理的治療方式，不存在某種疾病比較嚴重。