對於原發性的下丘腦性疾患，需終身服雌孕激素藥物進行治療。而對於繼發性下丘腦疾患，可通過治療使患者月經來潮。所以對於原發性、繼發性下丘腦閉經，一般都給予雌孕激素進行治療。所有閉經都需要區分，包括下丘腦垂體、卵巢、子宮，以及生殖道，如處女膜封閉等。下丘腦為最高司令部，其為調整月經最高的中樞結構，此類閉經可出現以下情況：

1、原發性下丘腦功能障礙，無月經來潮，為原發性閉經，但屬於下丘腦閉經。此類患者是先天性下丘腦存在缺陷，多合併嗅覺問題；

2、繼發性下丘腦閉經，因下丘腦出現調節問題，如減重引起的閉經，即典型下丘腦性閉經，所以屬於繼發性閉經。通常增重後或使用藥物調整誘導後，病人可以恢復。