對於毛囊炎的治療，需根據毛囊炎的嚴重程度、病變範圍確定，還需考慮屬於單純毛囊炎還是其他疾病的反應。若患者存在個別毛囊炎，則外用藥物進行治療即可。若患者存在細菌感染引起的毛囊炎，通常會選擇夫西地酸、百多邦等抗生素外用藥進行治療。

此外，在較多部位可能存在毛囊炎，且除毛囊炎外還可能出現其它改變，如粉刺、結節、囊腫甚至化膿性汗腺炎等。若上述疾病與毛囊炎合併，則患者需要到皮膚科就診，判斷毛囊炎屬於單純毛囊炎、痤瘡的反應，還是毛囊閉鎖三聯徵、毛囊閉鎖四聯徵。若存在上述疾病合併毛囊炎，則患者需要治療原發疾病才能控制毛囊炎的症狀。