因為毛囊炎通常是發生在毛髮多部位，比頭皮或陰毛部位，所以毛囊炎治療與發生部位無關，均以消炎為主。需強調反覆性頭皮或陰部毛囊炎，不僅與細菌感染有關，也與身體免疫狀態有關，需選擇部分既有抗感染、抗細菌作用，又有抗炎作用的抗生素進行治療。

若頭皮或陰部出油、出汗較多，需要使用相應藥物進行調理，甚至中成藥進行調理，才會達到較好治療效果，使患者不易復發。否則使用3-5天抗生素治癒後立刻停藥，可能不久又出現陰部毛囊炎症狀。建議患者到醫院就診，尋找毛囊炎原因。