頭部毛囊炎根據數量多少，應選擇不同治療方法，如果數量比較少，外用拮抗藥物可達到治療效果。如果數量比較多，也稱多發性毛囊炎，應給予口服和外用藥物同時治療，如果患者頭上有多發性毛囊炎，伴隨油脂分泌旺盛症狀，一般給予口服藥物如美滿黴素，6-8周作為一個療程，配合外用抗生素軟膏，如夫西地酸治療即可。

對於頭部油脂以及產生的各種代謝產物，可以用相關洗液，如皮膚康洗液、二硫化硒洗液或者康王洗液，在頭皮部位進行輕柔按摩，再用清水沖掉，完成頭皮清潔工作。但應警惕頭部毛囊炎可能，具有反覆發作傾向，與面部痤瘡一樣，應在醫生指導下用藥，後期減少藥量，做好維持治療。