腸結核其實並不是特別多見的一類疾病，大多數患者並不是非常嚴重，甚至部分患者沒有明顯的症狀，或者只是出現貧血，在結腸鏡檢查時，發現迴腸末端或者迴盲瓣，出現潰瘍性的改變，通過完善檢查，考慮是腸結核。患者通常只需要有效、合理、規範的抗結核治療，患者的症狀很快就能緩解。

而當腸結核並沒有及時被診斷，有可能會出現嚴重的併發症，比如腸結核反覆出現，可能會出現腸道狹窄，出現腸梗阻的症狀。有極少數的患者有可能會出現消化性潰瘍的表現，而且如果腸結核合併腹膜病變，有可能還會導致患者出現腹水、結核性腹膜炎的症狀。