口腔扁平苔蘚病因尚未明確，可能與精神因素、激素水平相關。因病因尚未明確，故很難有根治方法或特效藥。其痊癒和時間沒有關係，無法明確兩年能否達到痊癒。

臨床治療扁平苔蘚以年計，其為慢性疾病。少數患者可達到自愈，但其自愈與否與患者條件有一定關係。如病情較輕，且能明確其影響因素，針對病因進行治療，扁平苔蘚可得到緩解。如無法明確病因，則扁平苔蘚相對較難自愈。