扁平苔蘚病因尚未明確，無針對性治療或所謂特效藥，難以根治。目前認為其病因可能與局部免疫和精神因素有一定關係，僅可通過治療緩解症狀。扁平苔蘚存在癌變潛能，但癌變率較低，大概不到1%。

用藥治療控制症狀為扁平苔蘚治療的一方面，在扁平苔蘚的治療中，更重要的為定期隨訪。需定期去看醫生，醫生會根據扁平苔的表現來判斷是否存在癌變可能，以便能早期進行處理。扁平苔蘚並不是只需吃藥就可痊癒，應去醫院進行定期檢查，此為其治療中較重要的方面。