打乙肝疫苗三個月了還有硬塊可能由於本身因素、感染及疫苗對人體的刺激等情況導致，具體情況分析如下。
1、本身因素：通常疫苗注射的部位需要進行選擇，但是如果選擇的時候忽略了本身注射位置就有局部皮膚增生或皮下佔位性病變，那麼患者打乙肝疫苗三個月這種結節仍然會存在。有可能為皮膚增生、皮脂腺囊腫、纖維瘤、脂肪瘤等，此時可以進行超聲檢查明確診斷，對於此類情況可以進行手術切除。這種情況並不是疫苗造成的影響，患者不必擔心；
2、感染：由於患者免疫力低下或疫苗注射消毒不規範、局部異物存留可能會造成注射部位的感染，可能急性發作會緩慢遷延發作，主要與患者的體質有關。所以打乙肝疫苗三個月了還有硬塊需要考慮慢性感染的可能性，患者局部皮膚一般會伴有明顯的紅、腫、觸痛等。此時建議患者將局部進行酒精消毒，紅黴素軟膏外塗，同時配合使用頭孢類抗生素改善，部分患者形成膿腫還可以進行手術切開引流；
3、疫苗對於人體的刺激：正常乙肝疫苗中內含有輔助成分，比如氫氧化鋁，部分患者可能對其較為敏感，注射後吸收緩慢，局部會因此產生硬塊，並且可能伴有一定的疼痛感，通常可能在1個月左右的時間吸收，個別患者會延長到三個月左右的時間。此時可以繼續觀察，一般都可以自然緩解，患者應該注意不要對局部硬塊進行刺激，等待緩慢恢復。部分患者會出現感染、化膿等情況，通常需要進行頭孢類抗生素抗感染治療，甚至局部切開引流。此時對於局部的硬塊需要到醫院進行超聲檢查明確，局部可以使用熱敷等促進恢復。