約5%-33%的門脈高壓症患者會出現胃底靜脈曲張，多繼發於各種肝病引起的肝硬化終末失代償期，較食管靜脈曲張發病率少。若為門脈高壓導致胃內血管迴流障礙出現靜脈曲張，在病因沒有去除前不會自愈。肝硬化無法逆轉，出現胃底靜脈曲張後可進行肝移植治療，所以肝硬化所致胃底靜脈曲張無法自愈。

部分胃底靜脈曲張見於左半門脈高壓症，由於脾靜脈狹窄或梗阻導致區域性門脈高壓，臨床較為少見，表現為孤立性胃底靜脈曲張。急慢性胰腺炎、胰腺腫瘤導致門脈血栓形成是左半門脈高壓症的常見病因。脾切除或部分脾栓塞治療後區域性門脈高壓可能緩解，此類病因所致的胃底靜脈曲張可能消退。