胃底靜脈曲張跟食管靜脈曲張實際是一回事，只不過發生的部位不一樣，但血管來源一樣，是因為肝硬化門靜脈高壓。正常情況下，通過肝臟的血液迴流困難，則會通過側支循環迴流到大循環。其中血管在胃走向通過胃底，再往上流到食管靜脈，所以比較嚴重的病人可以在胃底就看到靜脈曲張。靜脈曲張跟食管靜脈曲張發生的機制是一回事，都提示肝硬化門靜脈高壓。

還有一部分病人是因為出現侷限性門靜脈高壓，所謂侷限性門靜脈高壓往往都是胰腺病變的病人，特別是胰腺發生炎症的病人。在局部胰尾的部位，也就是在胃底和脾臟附近形成局部門靜脈高壓，在胃鏡下可以表現在胃底局部形成門靜脈高壓。此時候不是肝硬化所引起，而是由於胰腺炎導致的侷限性門靜脈高壓。