先需區分先天性色素痣的病變範圍和病變性質，先天性色素痣可分成小型痣、中型痣和巨痣。如果先天性色素痣的範圍較小，在5mm以下，可以考慮對先天性色素痣用激光或者冷凍的方法治療。如果範圍增大，比如是中等範圍的色素痣或巨痣等先天性色素痣，患者必須考慮手術切除。如果範圍比較侷限，可以對痣進行切除後直接縫合。

如果色素痣的範圍較大，比如巨痣則考慮將色素痣切除後，再局部應用植皮和擴張器等方法，以取得比較滿意的效果。