色素痣的治療主要有兩大類方法，第一種方法是手術治療，第二種是非手術治療。色素痣治療的主要方法就是手術治療，手術切除療效確切，比較徹底，是治療色素痣的主要方法。切除物可以進行病理診斷，以判定良惡性以及是否切除乾淨。這種方法主要用於色素痣皮損較大，而且有待於病理確診良惡性的色素痣。

第二種方法是以激光為主的非手術治療，主要用於治療皮損比較小，而且表淺數量較多的患者。如果皮損非常小，而且多，患者治療慾望非常強烈，可以考慮激光治療，儘可能把皮損去除乾淨，否則容易復發。這種方法的缺點是去除皮損有時不徹底，容易復發，有可能遺留淺表瘢痕，可能刺激黑素細胞，導致色素痣發生惡變。因此，臨床對於懷疑有惡變的色素痣不能採取激光治療，必須採取手術切除加病理活檢，以明確其良惡性。