大多良性黑色素痣本身在良性範疇之內，故並不需要治療。

如果色素痣位於手掌、腳掌、口唇或生殖器等易摩擦部位，或是顏色較深，伴有瘙癢、疼痛感，及色素痣範圍5mm，同時合併有顏色不均勻，邊界不清、影響美觀等情況下，可採取手術治療，以達到徹底切除的效果，還可對色素痣有無惡變作出明確診斷。

傳統的點痣、激光、手術、冷凍等方法也可運用，但無法徹底去除痣細胞，尤其是交界痣和混合痣。