男性陰囊溼疹症狀和溼疣不同。溼疹為多種內外因素引起的真皮淺層以及表皮炎症性皮膚病，男性陰囊溼疹一般表現為局部劇烈瘙癢，常因過度搔抓、熱水燙洗呈現紅腫、滲出、糜爛，長期反覆發作還可慢性化，表現為局部皮膚苔蘚樣改變。

溼疣分為尖銳溼疣和扁平溼疣兩種，尖銳溼疣是因為HPV病毒感染相關的一種性傳播疾病，表現為陰囊、陰莖、肛周等部位乳頭狀或菜花狀贅生物，一般通過皮疹表現、病理活檢及HPV分型定性確診。

扁平溼疣為Ⅱ期梅毒疹，同樣屬於性傳播疾病，表現為肛周、外陰部扁平丘疹，需要通過抽血檢查梅毒血清學才能確診。溼疣發病前一般存在不潔性生活史，無瘙癢或疼痛等自覺症狀。但溼疹不屬性傳播疾病，僅表現為溼疹樣皮疹和瘙癢症狀，因此二者屬於完全不同的疾病。