克羅恩病不會自愈，本病基本上是一個終生性疾病，因為它本身是易感基因引起的自身免疫性疾病，也許將來會有新的方法出現能夠治癒。現在對克羅恩病的認識，要對患者進行積極的治療，治療後以活動期和緩解期交替存在。治療可使急性期過去來到緩解期，並希望緩解期能無限延長。本病一般是採取抗免疫治療，為最主要的一個手段。患者平常應注意飲食，生活起居都要有規律，如果患者緩解得挺好，但又去加班或者熬夜，可能就會加重病情。面臨考試也會引起比較緊張的心態，同樣會加重和誘發本病。故在積極治療的情況下，儘量使緩解期延長，但一般經過治療都不可能治癒。如果只是希望自我治癒，可能性基本沒有。

但也許以後通過科學家的研究會有新的手段，就會像現在的丙肝一樣有治癒方法。因為以前都說終生治療，不能治癒，但現在已有新的辦法可以治癒。而乙肝、肝硬化以前都不能治癒，現在有時候治療也有好轉，可期待將來有新的方法出現，使克羅恩病治癒。