胃食管反流可以做胃鏡，但臨床很多時候通過症狀即可大致判斷，尤其反酸、燒心的患者，往往都是胃食管反流。明確判斷後患者不一定需要做胃鏡，即可開始進入診斷性治療。

胃食管反流病往往和食道裂孔疝如影相隨，故懷疑胃食道反流病的患者要做胃鏡檢查，胃鏡進到位置後通過倒鏡觀察賁門口情況，排除合併食道裂孔疝。最近研究發現，胃食道反流、反流性咽喉炎的患者多數存在咽喉部改變，如杓區水腫、咽後壁水腫、咽後壁鵝卵石樣改變等，均為反流引起的慢性咽喉炎表現。胃鏡檢查時可觀察到上述現象，甚至可觀察一些聲帶白斑。所以，胃食管反流最好做胃鏡幫助診斷，但如果診斷明確情況下，也可先進行診斷性治療。