胃食管反流微創手術相當於功能修復性手術，並無嚴格意義上的後遺症，但任何手術均存在一定風險。腹腔鏡下或者機器人抗反流手術屬於功能性手術，並不破壞或切除器官，但手術修補時可能出現常規的出血、神經損傷，甚至手術做摺疊時，摺疊過緊會導致無法下嚥。因此需到大的醫院做手術，才能夠保證手術的質量。

胃食管反流微創手術最常見的併發症為吞嚥困難。因此，術前需做詳細評估，術中可放置食道探條放到口腔內，然後再做摺疊，防止摺疊狹窄。如果不放探條可能增加吞嚥困難的風險，但也有文獻報道提及無論放置探條與否，風險均相同。但普遍認為應放探條防止相關併發症，摺疊完後再取出探條即可。此外，患者可能排氣增多，主要由於習慣吞嚥大量空氣，術後食道變緊，不容易打嗝上去導致。總體而言，胃食管反流微創手術屬於安全的功能修復性手術。