部分輕度胃食管反流患者，出現生理性反流可能會自愈，如進食辛辣刺激性食物或飲酒後，或者部分孕婦懷孕期間，均可能出現。通過飲食調節，如適當少進食、早進食晚餐，改善生活習慣，或者口服4周左右的抑酸藥物，如奧美拉唑，等待一段時間後胃食管反流即可自愈。

另外，存在1/3的胃食管反流是由於其它原因所引起，如食管裂孔疝，即膈肌裂孔的抗反流作用喪失，或食管自身擴清功能較差，不能將反流液及時清除，還可由於食管下端括約肌壓力鬆弛引起，上述情況可能較難自愈，可能需要長期服藥。形成藥物依賴的患者可能需要手術治療，使患者徹底擺脫抑酸藥，從根本上將抗反流功能修復。