部分胃食管反流的患者有咽炎，表現為咽痛、咽喉總有痰，主要是胃內酸水反流至咽喉部對咽喉產生刺激。需從根源進行治療，服用促進排空的藥物如莫沙必利、促胃腸動力藥，可促進食管的廓清功能，將酸水儘早下排。

另外，可服用抑酸藥物如耐信(埃索美拉唑)、奧美拉唑，抑制胃酸產生，對食管、咽喉造成局部的刺激、胃食管反流所造成的咽炎進行針對性治療。嚴重的胃食管反流藥物停藥後可復發，或藥物效果不理想，建議進行抗反流手術，是一種微創手術，將胃食管連接部的鬆弛改善，沒有反流後咽喉無不適症狀。