如果是較為嚴重的口腔潰瘍，並且伴有感染，可能引起淋巴結腫大，尤其是口腔內有周圍間隙感染的患者。因為部分口腔潰瘍的患者，是口腔局部感染，如果感染沒有得到有效控制，可能擴散到口腔頜面部間隙，如頜下間隙、咽旁間隙、咬肌間隙等。如果感染擴散至上述間隙，可能導致頸部以及面部淋巴結，產生防禦性反應，導致淋巴結腫大，所以應該注意找到感染原，不僅要找到口腔潰瘍的部位，而且要將口腔潰瘍周圍的感染一併消除。

通常在進行外用藥物的基礎上，還可以給予口服或者注射的藥物進行治療。可以用漱口液漱口，並且塗抹藥物在口腔潰瘍面，幫助口腔潰瘍儘快癒合。同時可以給予口服的消炎藥，甚至給予抗炎的針劑注射等，可以讓口腔潰瘍和淋巴結腫大，得以較好的治療。