所謂陰性的肺結核，就是指痰找抗酸桿菌以及痰結核桿菌的培養均沒有檢出，所以對於痰菌陰性的肺結核患者也需要治療。它的主要抗結核治療方案一般是在半年左右，選擇利福平、異煙肼、乙胺丁醇和吡嗪酰胺這四聯藥物，前兩個月為強化期，後四個月為鞏固期，鞏固期只需要服用利福平和異煙肼這兩種就可以了。

如果是復治的肺結核，在上述藥物的基礎上需要加上喹諾酮類的藥物，如左氧氟沙星或莫西沙星，它的療程是九個月，前三個月為強化期，後六個月為鞏固期。