賁門位於胃和食管交界部，解剖部位也位於胸腔跟腹腔交界處，因此治療模式相對較複雜，早期賁門癌的治療方法主要有以下幾種：

1、經胃鏡下內鏡治療：若確診時腫瘤僅侵犯食管和胃交界部的黏膜和黏膜下層，通過超聲胃鏡檢查，並輔助以胃鏡下切除治療，其後既不需要術後放療和化療，也不需任何的免疫治療或靶向治療，只需規律複查胃鏡和隨診即可；

2、手術根除治療：若腫瘤侵犯深度較深，但未出現遠端淋巴結轉移，仍可通過微創手術方式解除患者腫瘤，同時恢復賁門功能，也可保證賁門腫瘤的患者獲得良好的生活質量及較長生存期。若腫瘤侵犯肌層和漿膜層，同時伴有少數的周圍淋巴結轉移，則需通過根治手術治療。