氣管腫瘤併發症最主要的是氣道梗阻，氣管內發生腫瘤後會把氣道堵塞，早期因為腫瘤可能較小，症狀不典型，主要表現為咳嗽、咳痰、氣喘及少許痰中帶血，因此容易被誤診為普通肺炎或哮喘。對於反覆咳嗽、氣喘不能緩解的病人，要考慮氣管內腫瘤的可能性。如果氣管內腫瘤逐漸生長，體積逐漸增大，增大到50%以上，患者會感到呼吸困難、胸悶、氣急等症狀。如果不及時治療，隨後有可能會發生嚴重併發症，即窒息，患者可能發生死亡。

如果氣管為惡性腫瘤，隨著病情進展會侵犯周圍組織器官，如周圍血管、神經、縱隔、肺部及淋巴結，因此會出現聲音嘶啞、呼吸困難、吞嚥困難、進水嗆咳、食管氣管瘻及頸部淋巴結腫大。還可以併發肺部感染，因為把氣道堵塞後細菌會在肺部形成感染，使用抗生素效果不是很理想。