治療氣管腫瘤的最佳方案是通過氣管鏡或直接手術把腫瘤切除，解除氣管梗阻。對於體積較小，特別是有蒂的良性腫瘤，可以在氣管鏡下直接電灼切除。對於體積較大，氣管鏡下切除較困難的腫瘤，可以把氣管切開後把腫瘤切掉，同時切除一部分氣管組織。

如果氣管腫瘤是惡性或體積較大的良性腫瘤，不能在氣管鏡下切除，需要切除病變帶氣管，進行氣管重建。如果晚期氣管惡性腫瘤已經不能手術切除，根據腫瘤病變情況採取化療、放療等綜合治療措施縮小腫瘤，緩解病人症狀，同時治療氣管腫瘤裡面的併發症，特別是氣管腫瘤會導致呼吸困難。

如果手術不能做，放化療也不能進行，要在氣管內放支架，把氣管撐開，呼吸就會通暢。腫瘤堵塞氣道有可能合併感染，臨床上還需要使用抗生素進行治療，控制肺部感染。