關於胰頭囊腫的去除，很多情況下較小的胰頭囊腫無需處理，因為其常與大胰管、小胰管經常相通，如果貿然切除，可能導致胰瘻。出現胰瘻可能十分危險，因為胰瘻分泌胰液，胰液一旦被激活後相當於可以消化自身的液體，並可以腐蝕大血管，腐蝕周圍組織。所以對於較小的囊腫，如果沒有症狀並不推薦切除。

若將大囊腫切除則需進行手術，胰腺囊腫與正常胰腺組織界限較為清楚，所以會讓手術變得更為方便、簡單。一般情況下若手術切除，局部切除即可達到治療效果。如果胰頭囊腫與十二指腸下端關係都非常密切，則必然要進行胰十二指腸切除術。