PET-CT輻射較低，遠低於輻射安全閾值，並且低於增強CT檢查時的輻射劑量，因此PET-CT檢查輻射劑量在安全範圍內。該項檢查的輻射來源主要分為兩方面，包括PET和CT。其中CT隨設備技術水平提高，CT輻射劑量逐漸降低，圖像質量越來越清晰。PET同樣隨設備質量提高，應用放射藥物的劑量逐漸降低，並且應用於PET檢查的放射性藥物是短半衰期低能的放射性藥物，能量較低，短期內可以自動衰變、衰減。

在檢查結束以後可以鼓勵患者多飲水、多排尿，注射到體內的放射藥物可以通過大小便排洩，例如常用的氟-18，半衰期不超過2個小時，此類藥物很快可以通過尿液排洩，一般在24小時內體內放射線可以達到正常水平。另外，考慮檢查的正當性，將PET-CT作為腫瘤良惡性判斷、治療分期、治療手段的選擇等方面的考量，PET-CT在臨床應用的意義遠大於輻射對身體影響。並且輻射無處不在，不必過度擔心，只需要科學認識輻射，則可以更好地服務於患者。