PET-CT檢查相對用時較長，從注射檢查藥物以後到檢查結束可能需要60-90分鐘，因為PET-CT是當前較高端檢查設備，需要精心準備，過程相對較為複雜。

PET-CT檢查首先需要臨床醫生判斷患者檢查必要性，如果需要檢查，臨床醫生會給患者開檢查預約單，患者拿到預約單以後需要到核醫學科進行登記，採集病史，包括既往檢查資料、影像資料等。

登記以後需要給患者準備檢查需要的放射性藥物。另外，患者需要配合檢查，例如在第二天檢查，前一晚在晚餐以後儘量避免進食，並且晚餐儘量避免食用糖分較高食物，至少需要禁食4小時以上。檢查當天患者來院以後需要採集患者體重，根據體重計算患者用藥量，並以最小用藥量達到最好的圖像採集效果。同時採集患者血糖，患者血糖對患者圖像採集較為重要。前期準備結束以後給患者注射相應核素顯像劑，注射顯像劑以後患者需要在專門休息室安靜休息，等待藥物在全身分佈，之後可以到PET-CT機進行採集圖像，採集圖像過程中需要10-20分鐘，之後則由專家閱片對疾病做出診斷。