PET-CT第二次掃描稱為延遲掃描或簡稱為延遲，延遲掃描不一定是因為存在異常。延遲掃描目的主要是為了得到更多的臟器信息，對疾病診斷可以做出更好診斷。延遲掃描常會在部分疾病中應用，例如胃部腫瘤，胃部病變等。胃是空腔臟器，如果擴張較差，可能對胃部佔位或胃部代謝定位造成影響，經過延遲掃描以後，可以重新對胃壁佔位情況以及病灶代謝情況進行分析。

部分患者可能是生理性攝取，通過延遲以後可能會有移動或消失，可以排除腫瘤。對於腸道延遲，則與上述情況的原理相同，腸同樣是空腔臟器，腸道內會存在糞便，而異物以及炎症都可能會有異常攝取代謝。通過延遲顯像以後腸道內的糞便等異物可能會移動或消失，此時可以對疾病進行鑑別診斷。

另外，肺部等部位的炎症在和腫瘤鑑別中也會應用到延遲顯像，例如肺部腫物。在腫瘤中延遲顯像往往會延遲以後高攝取，在炎症病灶延遲以後可能會代謝降低。