腸鏡檢查相對比較安全，很少發生穿孔，除非自身有嚴重疾病，比如結腸腫瘤、重度潰瘍性結腸炎、克羅恩病、腸道結核。由於這些病灶侵犯黏膜、黏膜下層、基底和漿膜層，做腸鏡檢查過程中，要打氣，所以本身病變比較嚴重者容易發生穿孔。

一旦發生穿孔，病人會出現劇烈腹痛、壓痛，或者反跳痛，在幾分鐘到十幾分鍾就能夠發現。如果發現穿孔，停止腸鏡檢查，打鈦夾，給予迅速處理。