顱底脊索瘤根治率比較低，一般要採取放療、化療等綜合治療提高治癒率。顱底脊索瘤是胚胎殘餘性腫瘤，一般起源於顱骨，手術成功率相對比較低。因為顱底脊索瘤的生長沒有邊界，侵犯範圍非常廣，屬於低度惡性腫瘤，手術很難一次完整切除，需要通過術後放療，抑制腫瘤進一步生長、復發。

但是，即使進行術後放療，患者仍會出現腫瘤復發，腫瘤生長可壓迫顱神經，導致患者出現嚴重的神經系統症狀。