部分陰莖癌患者在較早期時，可能沒有典型症狀，可能沒有任何不適，或僅出現陰莖頭、包皮局部增厚、增生、肥厚，有點狀丘疹、斑丘疹，以及紅色充血、水腫等炎性樣改變。通常上述症狀不能引起患者重視，或患者認為是炎症，而忽略早期的診斷和治療。

隨著病情或疾病進一步加重，到後期，在病變位置如龜頭或包皮，出現糜爛、潰瘍、局部增厚、質地堅硬，或出現菜花狀隆起。可能伴有膿性分泌物，出現刺痛或灼燒樣疼痛，同時多半伴有腹溝淋巴結腫大，可觸及到大腿根部質硬的腫塊。大部分患者在早期時，出現腹股溝淋巴結腫大，多半是由炎性反應形成的炎性腫塊，並不是淋巴結轉移。因此陰莖癌患者早期症狀，部分類似於包皮炎、龜頭炎，或陰莖表面皮膚的皮疹樣改變。