陰莖癌最重要的治療原則就是早發現、早治療。從治療方法而言，發現越早，採用治療方法也就越微創，比如Ⅰ期陰莖癌，可以用激光方法切除病灶，也可以進行局部放療。

而隨腫瘤越長越大，則不得不採用陰莖部分切除，並且隨疾病進一步進展，可能還需要應用腹腔鏡進行腹股溝和盆腔淋巴結的清掃。如果疾病惡性度很高，懷疑有遠處轉移的可能，還需要配合化療。另外，可以採用生物靶向藥物治療，並且需要進行陰莖重建，以恢復患者站立排尿和勃起功能等。