惡性腫瘤很少提治癒，通常將惡性腫瘤當作一種慢性病，同高血壓、糖尿病一樣無法治癒，但可以通過治療控制病情。總體而言，陰莖癌可以做到早發現、早治療。任何腫瘤如果能做到早發現、早治療，患者預後相對均較好。陰莖癌目前發病率在逐年下降，因好發老年人，既往合併有包莖或包皮過長的患者。陰莖癌可以做到早期發現，因為患者可以在體表發現結節。對於陰莖癌早期可採用手術治療，包括陰莖部分切除或陰莖根治性全切。對於懷疑或有淋巴結轉移的患者，可能會採用腹股溝淋巴結清掃，甚至盆腔淋巴結清掃。

對於早期陰莖癌患者治療，預後較好，復發轉移風險比較低。但是如果陰莖癌到晚期，療效較差。對於晚期陰莖癌主要以全身治療為主，包括可採用化療，此外可能聯合局部的一些手術治療或放療等手段，達到保存患者生活質量的前提下，儘可能延長患者總生存時間。