當急性中耳炎遷延不愈超過6周，病變侵犯了中耳黏膜、鼓膜，甚至骨質，造成不可逆病變的時候，稱為慢性化膿性中耳炎。慢性化膿性中耳炎的治療原則主要是清除病灶、通暢引流，恢復或重建聽力，具體治療根據病人的情況而定。如果病人有鼓膜穿孔，伴有很多膿性分泌物，此時需要先用過氧化氫溶液清洗，配合耳朵裡邊滴氧氟沙星滴耳液，再加上全身口服抗生素來治療。如果炎症控制以後，鼓膜穿孔癒合，病灶清除掉，此時治療完畢。

但有些慢性化膿性中耳炎遷延不愈，殘留鼓膜穿孔或鼓室內有肉芽，甚至出現了其他併發症，此時需要手術治療，手術需要清除病灶，修補鼓膜，重建聽力。