無論是急性還是慢性鼻竇炎患者，鼻腔內部黏膜均充血、水腫，此時鼻咽拭子觸碰到鼻咽或鼻腔黏膜容易出血。如進行鼻咽拭子檢查，較多做完以後出血持續時間較長，所以此類患者不適合做鼻咽拭子。

如果鼻炎、鼻竇炎患者鼻腔或鼻咽部均有稀薄或其它性狀分泌物，這種分泌物會導致鼻咽拭子檢查結果不準確，出現誤差。如果必須進行鼻咽拭子檢查，可以用口咽拭子取代。