吞嚥困難的鑑別診斷不是通過症狀進行鑑別診斷，而是疾病是由於什麼引起或者怎麼樣去確定吞嚥困難的起病原因。吞嚥困難最常見的幾類疾病包括中風、神經肌肉一類的疾病及口腔、咽部或者食道一類的癌症或佔位，也有比較常見的，比如食道的炎症、口腔的炎症一類的疾病。食管癌引起的吞咽困難，早期多半患者不會有吞嚥困難的表現，但是，到了中期之後會出現進行性的吞嚥困難。如果出現進行性吞嚥困難，需要考慮是不是存在食道的癌症或者其他類型的疾病。賁門的痙攣，這樣一類的病人也會出現嚥下困難，是吞嚥障礙的一種類型，而且症狀出現的時間比較晚，跟病人的心態或者情緒等有比較多的相關性。