對於反流咽喉炎，即因胃食管反流造成慢性咽喉炎，臨床上通過治療可達到治癒目的。患者咽喉炎產生的原因是胃食管反流引起胃酸和胃蛋白酶反流，刺激咽喉部的黏膜，造成慢性炎症，從而導致患者出現咽喉炎的臨床表現，因此需要針對反流及胃酸和胃蛋白酶進行積極治療。臨床用得較多的是PPI(質子泵抑制劑)，還有胃動力藥物、抑制胃酸的藥物，常用的藥物有雷貝拉唑、泮托拉唑，可以幫助患者緩解胃食管反流。

胃食管反流得到控制後，可以減少胃酸和胃蛋白酶對咽喉部黏膜的刺激，咽喉部黏膜症狀會逐漸緩解甚至消失，進而可以達到治療的目的。如果沒有得到及時治癒，或再次出現胃食管反流，胃酸和胃蛋白酶可能再次刺激咽喉部黏膜，可造成慢性炎症。因此需要控制好胃食管反流，是治療由胃酸和胃蛋白酶造成黏膜炎症而引起慢性咽喉炎的最根本治療方法。