通常不建議用激光治療咽喉炎，並不能有效治療咽喉炎，而且可能出現併發症。咽喉炎常見原因，包括空氣汙染、菸酒刺激、過度用聲等，難以避免黏膜慢性損害，長時間咽喉炎，咽部可能出現顆粒樣小疙瘩增生，稱為黏膜上淋巴濾泡。相當於手部硬繭，如果勞動過多，手部上皮增生會出現硬繭，而黏膜上淋巴濾泡結節，對健康沒有危害。

如果用激光、等離子消融或其他手術方式，將此類濾泡處理，可能出現瘢痕癒合，從而造成黏膜加溫、加溼的功能被破壞，可能出現咽乾或吞嚥不適感。黏膜上淋巴濾泡，通常對炎症有抵抗作用，即使將出現濾泡切除，其他正常黏膜仍受到刺激，再出現新的濾泡，較難做到切除乾淨不再發作。