潰瘍性直腸炎和普通慢性直腸炎的區別，在於直腸是否發生慢性潰瘍性改變。先是鏡下的區別，潰瘍性直腸炎可見直腸黏膜瀰漫性充血、水腫，表面呈顆粒狀，可見到糜爛灶以及潰瘍灶。慢性直腸炎在鏡下的表現是直腸黏膜充血、水腫，可伴有糜爛灶，但沒有潰瘍灶。

臨床症狀的區別是潰瘍性直腸炎患者可出現腹痛、腹瀉、黏液便、膿血便，慢性直腸炎患者臨床症狀不明顯，有可能會出現下腹部隱痛，伴有大便改變，如大便次數增多，但是不會出現黏液便膿血便的情況。在治療上，潰瘍性直腸炎患者需要正規的配合醫生給予使用抗潰瘍的藥物治療，慢性直腸炎患者可以適當的使用益生菌治療。