功能性胃痛是在排除器質性病變的基礎上，即常規的化驗檢查、生化檢查及影像學檢查未發現異常，但病人有明顯的與進食相關的胃痛。此時需排查膽汁反流性胃炎、胃食管反流病、慢性胃炎、膽囊炎、膽囊結石、肝硬化，以及胃十二指腸腫瘤。

此外，病人要進行相關檢查如胃鏡，以及肝腎功能、甲狀腺功能檢查，同時要進行上腹部B超或血澱粉酶、心肌酶譜，以及電解質、血常規、C反應蛋白等。排查以上情況後，如果胃痛直接與飲食相關，稱為功能性胃痛，常與內臟高敏狀態及神經功能紊亂，如焦慮、抑鬱情緒等有關。