口咽癌放療中的副作用可以分放療期間和放療以後。放療期間主要是射線對口咽、口腔周圍黏膜的損傷，表現為喉嚨疼痛、進食下嚥會覺疼痛、口腔發乾，甚至可能會有點出血。通常在放療結束以後，大概在2-4周就會慢慢好轉。放療以後反而會出現晚期副反應，主要表現局部咽喉乾澀，痰比較黏，口乾可能持續的時間會比較長，隨著時間延長慢慢恢復，通常1-2年左右可恢復到最佳的狀態，但無法恢復到治療前的情況。

咽喉部較黏的感覺主要是由於放射治療後，唾液腺漿液性的成分減少導致，所以會感覺比較黏稠。類似於平常運動完以後覺得喉嚨特別黏，可能需要喝水或者吃話梅刺激唾液腺分泌，從而解除症狀。口咽癌做放療時還會涉及到皮膚與肌肉的射線損傷，主要表現為頸部緊張感，特別是在天氣比較寒冷時，會覺得有東西牽拉雙側頸部，感覺活動不靈活。嚴重時會出現抽筋，即胸鎖乳突肌的抽搐，局部出現劇烈的疼痛，可能1-2分鐘以後會自行恢復，而這種情況往往是在治療結束三年以後逐漸出現並且加重。