沙眼衣原體尿道炎又稱為非淋菌性尿道炎，主要表現分為兩大類，第一類為排尿有刺痛感，第二類為尿道分泌物，分泌物量較少，兩者可同時出現，也可表現為其中一種。非淋菌性尿道炎主要的治療為抗生素治療，臨床上推薦藥物包括左氧氟沙星、阿奇黴素、多西環素。具體用藥需在醫師指導下進行，同時多飲水，注意休息，避免勞累，暫停性生活。如果患者有性伴侶，要求性伴侶同時進行檢查及治療。

患者治療後需觀察尿液是否澄清、分泌物是否減少、臨床症狀是否消失，同時進行尿常規檢測，白細胞是否消失，進行尿病原微生物培養，觀察病原微生物是否消失，如果達到以上標準代表治癒。非淋菌性尿道炎病程長且遷延不愈，治療比較棘手，需多次進行檢查，明確是否有衣原體存在。