沙眼衣原體陰性是正常表現，但是沙眼衣原體通常需要多次檢測陰性才能確認正常，有時一次檢測陰性可能會出現誤差或偶然性。沙眼衣原體感染眼部會引起沙眼，同時也容易引起泌尿生殖系統感染，如男性的尿道炎、前列腺炎、附睪炎，女性的盆腔炎、陰道炎及附件炎等，因此沙眼衣原體如果是陽性，通常應該積極治療。

沙眼衣原體是一種病原微生物，介於細菌和病毒之間，除出現上述不適症狀外，還容易導致生育能力下降，如精子質量下降，少精症、弱精症、死精症，女性出現不孕症、胎停育、流產、死胎等風險增加。需要積極使用藥物進行治療，如大環內酯類藥物中的阿奇黴素、羅紅黴素、地紅黴素，四環素類藥物中的米諾環素、多西環素，還有其它常用的廣譜抗生素對沙眼衣原體也有治療作用，如磷黴素、三代頭孢菌素，喹諾酮類藥物中的左氧氟沙星、莫西沙星、西他沙星等。