沙眼衣原體陽性是否嚴重，取決於患者臨床症狀與沙眼衣原體侵犯的部位。如果單純侵犯眼睛，引起沙眼這種情況不嚴重，多數患者通過對症治療可以自然痊癒，一般可以不應用特殊抗菌藥物治療。

如果沙眼衣原體引起泌尿生殖道感染，對於男性出現附睪炎，部分患者可以出現不育症狀。對於女性如果導致子宮內膜炎或引起輸卵管炎，這種情況下也可以出現不孕現象。對於孕婦來說，如果感染沙眼衣原體，可以引起流產也可以出現死胎。此外，也可以引起新生兒先天沙眼衣原體感染，這種情況下病情比較嚴重，而且帶來不良愈後，也影響患者生育，需要積極治療。

如果引起泌尿生殖道的感染，應該儘早採取治療措施，需要選用喹諾酮類藥物或四環素類藥物。可以應用米諾環素、多西環素，也可以應用左氧氟沙星或環丙沙星，一般採用2-3周療程或更長療程，如果過早停藥可能導致復發。