夜間胃疼的原因可能是十二指腸潰瘍、胃潰瘍。此類患者的胃酸分泌總量不多，但夜間胃痛的症狀主要由於患者黏膜屏障功能比較弱導致。

胃酸分泌有兩個來源，夜間副交感神經興奮可促進胃酸分泌，而胃腺體也可分泌胃酸，造成胃酸總量比較多。此外，胃食管反流的老年患者有夜間酸突破現象，此類患者可能會在夜間出現胃部不適，如反酸或疼痛。