斜視手術最明顯的後遺症主要是複視。如果兩隻眼睛視力均較好，斜視糾正一段時間適應後可恢復立體視。

還有一種後遺症為斜視糾正過多，內斜變成外斜，外斜變成內斜。但這種情況較少見，可能手術時做過矯或欠矯導致。此外，斜視術中將鞏膜穿到眼球視網膜內，可出現較大的後遺症，可導致眼睛視網膜裂，相當於外傷，因此手術醫生需儘量避免此類情況。因為部分斜視患者，鞏膜較正常人薄，容易刺穿，所以手術時需非常謹慎。